敦化市人民法院共设立9个机构，其中：
（一）立案庭（诉讼服务中心）
主要负责：除执行外其他案件的登记立案工作；负责申诉、再审申请案件、管辖权请示案件、不予受理案件等程序性案件的审查；负责本院诉讼服务中心建设和司法辅助事务的集约管理；负责矛盾纠纷多元化解、诉前调解和诉调对接工作；负责涉诉信访事宜。
（二）刑事审判庭 （少年法庭）
主要负责：依法审理由本院管辖的第一审刑事案件，包括公诉案件、刑事自诉案件和上级法院指定审判的第一审全州刑事涉外案件和其他指定管辖的刑事案件；负责常态化扫黑除恶专项斗争工作、防邪反邪工作。
（三）民事审判一庭
主要负责：审理重大、疑难、复杂、敏感，涉及群体性纠纷、引发社会广泛关注的一审民事案件；负责额穆人民法庭工作。
（四）民事审判二庭
主要负责：审理各类事实清楚、权利义务关系明确，争议不大的简单一审民事案件；负责官地人民法庭工作。
（五）综合审判庭
主要负责：依法审理本院和集中管辖的第一审行政案件；审理上级法院指定管辖的第一审行政案件；审查行政机关申请强制执行案件；审理行政赔偿案件；办理本院为赔偿义务机关的国家赔偿案件；办理司法救助案件；审理破产案件；承担环境资源审判工作，审理环资类民事、行政、刑事案件；办理并答复检察建议；审理院党组交办的其他类型案件；负责贤儒人民法庭工作。
（六）执行局
主要负责：依法执行法律规定应由本院执行的发生法律效力的民事判决、裁定、调解和刑事判决、裁定中的财产部分；审查执行案件的申请，决定立案或不予受理；执行法律规定应由本院执行的仲裁裁决、公证债权文书、行政非诉案件和其他法院委托执行的案件等；对执行异议、申诉等事项进行审查;负责审查实施本院审判、立案部门移交的财产保全事项；接受并处理本院执行案件当事人的执行信访；完成上级法院执行机构交办的相关工作。
（七）政治部（审务督察室）
主要负责：起草综合性文件和工作报告、院长讲话等文稿；负责新闻宣传、信息简报等工作；负责市域现代化治理工作；负责院志修改、补充工作和本院图书订阅与管理；办理党组会、院长办公会、院务会、全院干警大会的有关会务工作；负责本院的思想政治工作和教育培训工作；负责本院干部的记功奖励工作；负责全院干警工资核定等工作；协调地方党委和上级法院办理有关考核干部、法官等级以及司法警察警衔审查和呈报工作；协助有关部门管理机构编制；负责初任法官审查和呈报工作；负责本院离退休干部管理工作；负责全院干警绩效考核工作；领导院机关工会、共青团、妇委会等群众组织，支持这些组织依照各自的章程独立负责地开展工作；负责审务督察工作。
（八）综合办公室
主要负责：司法政务工作；负责内外联系与综合协调工作；负责文电处理工作；负责与人大代表、政协委员的联络工作，督办人大代表、政协委员的提案、来访；负责保密工作、防谍反谍、国家安全防线建设工作。司法装备工作；负责本院物资装备的计划、管理工作及分配工作；负责本院诉讼费的收缴、使用、管理工作；负责本院工资发放和后勤、接待工作；负责院内消防安全管理工作；负责管理审判法庭、人民法庭等基层基础设施建设工作。
（九）审判管理办公室（研究室）
主要负责：本院审判流程管理、审判质量管理、审判效率管理、审判绩效管理、审判委员会事务管理；负责审判运行态势分析、案件督办、案例指导、裁判文书公开；负责司法调研工作；负责公告案件管理工作；负责司法改革、司法建议管理工作；负责档案管理工作；负责智慧法院运维、信息化建设、应用工作。
司法警察大队
主要负责司法警察警务工作；维护审判秩序，对进入审判区域的人员进行安全检查；刑事审判中押解、看管被告人或者罪犯，传带证人、鉴定人和传递证据；在生效法律文书的强制执行中，配合实施执行措施；协助执行死刑；协助机关安全和涉诉信访应急处置工作；执行拘传、拘留等强制措施；定期组织开展司法警察岗位大练兵活动及安检人员的管理工作。
机关党委
主要负责宣传和执行党的路线、方针、政策，宣传和执行党中央、上级组织和本组织的决议，发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用，支持和协助院长完成本院所担负的任务；组织党员认真学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想，学习党的路线、方针、政策和决议，学习党的基本知识，学习科学、文化、法律和业务知识；对党员进行严格管理，督促党员履行义务，保障党员的权利不受侵犯；对党员进行监督，严格执行党的纪律，加强党风廉政建设；做好本院机关工作人员的思想政治工作，推进机关社会主义精神文明建设；组织各支部开展“三会一课”工作；对入党积极分子进行教育、培养和考察，做好发展党员工作；组织开展民主评议和考核党员；对院机关干部的任免、调动和奖惩提出意见和建议；按照党组织的隶属关系，领导直属单位党的工作。
